自1975年成立以來，香港歷史博物館共舉辦了逾100個專題展覽，大部分是我們工作人員的研究成果。展覽題材十分廣泛，包括「香港考古學五十年」、「活的歷史─保護香港的歷史建築」、「港澳貨幣」、「本地華人傳統婚禮」、「香港製造─香港外銷產品」、「香港郵務一百五十年」、「百年樹人─香港教育發展」等，從不同的角度深入淺出地闡釋香港歷史的遞嬗。此外，我們亦已步出香港的框框，走向國際化，與國內外文博單位合辦過不少大型的展覽，當中包括「天工開物─中國古代科技文物展」、「百年自強─近代中國的崛興」、「萬里長城－歷代民族文化珍品展」、「戰爭與和平─秦漢文物精華展」、「樂舞翩遷─圓舞曲大王史特勞斯」、「拿破崙大展」等。至於由本館籌劃製作的展覽如「抗戰時期的香港」、「回顧過去、展望未來」及「百載香江風情展」更移師往北京展出。日後，我們將繼續為香港市民製作更多不同類型的大型專題展覽，藉以開拓本地市民的文化視野。

1990年以後舉辦的專題展覽：

1990 海港今昔 童幻世界─勞倫斯 威爾金森珍藏美國玩具 童兒選粹─中國傳統衣童服飾 香港歷史資料

1991 陶瓷之路─竹篙灣出土文物 生存契機在環保 香港郵務一百五十年 香港歷史─從新石器時代聚落到現代都市

1992 良渚文化珍品 羅衣百載─香港服飾演變

1993 百年樹人─香港教育發展 嶺南古越族出土文物展

1994 成功之路─香港經濟奇蹟 物競天擇─中國古生物化石展

1995 市影匠心─香港傳統行業及工藝 三年零八個月

1996 南海海上交通貿易二千年

1997 香港的海上貿易與香港發展 河嶽藏珍─中國古地圖展

1998 天工開物─中國古代科技文物展 林則徐與鴉片戰爭

1999 靖海澄疆─香港海防博物館預覽 四環九約─香港歷史圖片展 百年自強─近代中國的崛興 樂舞翩遷─圓舞曲大王史特勞斯 百年民生─市政局與香港的成長展覽 (於香港大會堂展出)

2000 薪火相傳─香港教師變與不變的角色 香港文物縱覽─歷史博物館藏品選萃

2001 四環九約─香港歷史圖片展 香港歷史的新展示─歷史篇及海防篇 萬里長城－歷代民族文化珍品展

2002 伴我成長四十年─香港大會堂回顧展 (於香港大會堂展出) 十八天戰役─日軍鏡頭下的香港圖片展 香港點滴─回歸五周年新增藏品展 回顧過去、展望未來 (於北京中華世紀壇展出) 戰爭與和平─秦漢文物精華展

2003 拿破崙大展 吾土吾情─香江文化傳承(於香港中央圖書館展出) 中華人民共和國國旗、國徽、國歌展 (於香港大會堂展出) 香港廣播七十五年 萬眾一心─香港史上疫症的抗爭 孫中山與親屬─從翠亨到香港 學海無涯 － 近代中國留學生展

2004 秋獵懷遠 ─ 承德避暑山莊文物大展 孫中山與近代中國 百載香江風情展 (於北京中國國家博物館展出) 不朽印記：竹月堂古希臘錢幣展 獵鹿與剽牛 － 雲南古滇國文物展

2005 「孫中山與辛亥革命文物徵集行動」精品展 香港陸上交通的演變（於地鐵中環站展出） 「第六屆校際郵集設計比賽」參賽作品展覽 花都舊影：法國龐比度中心珍藏照片展 東方印象：錢納利繪畫展 文化清泉 ─ 香港達德學院歷史展 東西匯流 － 粵港澳文物大展

2006 揚帆萬里 － 鄭和下西洋紀念展 足球展覽 「兒童成長的足跡」展覽 情懷香江 - 江啟明素描畫展 漢字密碼 － 從甲骨文到電腦時代展 (2006年10月25日至2007年1月8日) 孫中山先生誕辰140周年展：偉人的藝術剪現 (2006年10月18日至2007年1月15日)

2007 戲•遊－香港舞台中國情 (2007年1月11日至23日) 禮樂之邦 － 河南夏商周文物展 (2007年2月14日至5月14日) 香江文教發展五十年 (2007年3月7日至7月30日) 中國考古新發現 (2007年7月25日至9月24日) 皇仁書院•香港•中國 － 145年的歷史與回憶 (2007年11月19日至12月3日) 從錢莊到現代銀行－滬港銀行業發展 (2007年11月28日至2008年3月24日)

2008 商貿世代：香港貿易發展四十年 (2008年1月3日至2月25日) 從年畫到宣傳畫－中國版本圖書館宣傳藏品選展 (2008年3月12日至2008年6月16日) 天馬神駿－中國馬的藝術和文化 (2008年7月16日至2008年10月13日) 香港天文台 － 風雨人間125年 (2008年7月23日至9月22日) 香港女性飛躍百年展 (2008年10月1日至10月22日) 香港廣播八十年 (2008年10月29日至11月24日) 法國大革命(2008年12月17日至2009年3月16日)

2009 紀念五四運動90周年圖片展覽 (2009年3月23日至4月12日) 四環九約－香港歷史博物館藏歷史圖片精選 (2009年3月25日至6月29日) 摩登都會：滬港社會風貌 (2009年4月29日至8月17日) 普天同慶：傳統節慶與香港社會 (2009年7月1日至9月28日) 百年中國 (2009年9月23日至2010年1月4日) 探求不息：麥兆良神父粵東考古藏品展 (2009年11月4日至2010年2月1日)

2010 永遠懷念 播音皇帝鍾偉明收藏展 (2010年2月4日至3月15日) 雍雅華章：漢代貴族生活 (2010年2月10日至5月3日) 一起走過的日子：六、七十年代香港社會 (2010年3月31日至6月30日) 歷久常新 — 旗袍的變奏 (2010年6月23日至9月13日) 林蔭下的學校：村校人和事 (2010年7月21日至9月27日) 探索香港文化傳統 (2010年1月21日至12月31日) 時光流轉：1970年代中西區照片 (2010年10月6日至2011年1月10日) 香江有情：東華三院與華人社會 (2010年10月27日至2011年1月17日)

2011 粵海稽古：陳公哲的考古研究和收穫 (2011年1月19日至3月28日) 辛亥革命百周年展 (2011年3月2日至5月16日) 協力耕耘：嘉道理農業輔助會及戰後香港農業社會 (2011年4月13日至6月20日) 五味紛陳—半世紀的中國生活記憶 (2011年7月6日至9月26日) 船塢與香港 ─ 香港修造船業圖片展 (2011年7月13日至11月21日)