自1975年成立以來，本館共舉辦了逾八十個專題展覽，大部分是本館人員的研究成果。展覽題材十分廣泛，包括「香港考古學五十年」、「活的歷史─保護香港的歷史建築」、「港澳貨幣」、「本地華人傳統婚禮」、「讓他們活下去─保護瀕於絕種的動植物」、「香港製造─香港外銷產品設計史」、「香港偶戲」、「香港歷史資料」、「陶瓷之路─竹篙灣出土文物」、「生存契機在環保」、「香港郵務一百五十年」等，這些展覽，深入地探討香港歷史的不同面貌。此外，亦有不少是和國內或外國文博機構合辦的大型專題展覽；和國內合作的展覽有「中國古人類」、「中國自然保護」、「中國恐龍」、「中國苗族服飾」、「天工開物─中國古代科技文物展」、「百年自強─近代中國的崛興」等；和外國合辦的展覽包括「泰國歷代陶瓷工藝」、「澳洲土著文化」、「印度樂器」、「馬來西亞傳統工藝」、「童幻世界」，以及和英聯邦協會合辦的「人類的故事」等。這些展覽，促進了香港與內地及鄰近國家的文化交流。
1990
海港今昔
童幻世界─勞倫斯
威爾金森珍藏美國玩具
童兒選粹─中國傳統衣童服飾
香港歷史資料 |
1991
陶瓷之路─竹篙灣出土文物
生存契機在環保
香港郵務一百五十年
香港歷史─從新石器時代聚落到現代都市 |
1992
良渚文化珍品
羅衣百載─香港服飾演變 |
1993
百年樹人─香港教育發展
嶺南古越族出土文物展 |
1994
成功之路─香港經濟奇蹟
物競天擇─中國古生物化石展 |
1995
市影匠心─香港傳統行業及工藝
三年零八個月 |
1996
南海海上交通貿易二千年 |
1997
香港的海上貿易與香港發展
河嶽藏珍─中國古地圖展 |
1998
天工開物─中國古代科技文物展
林則徐與鴉片戰爭 |
1999
靖海澄疆─香港海防博物館預覽
四環九約─香港歷史圖片展
百年自強─近代中國的崛興
樂舞翩遷─圓舞曲大王史特勞斯
百年民生─市政局與香港的成長展覽 (於香港大會堂展出) |
2000
薪火相傳─香港教師變與不變的角色
香港文物縱覽─歷史博物館藏品選萃 |
2001
四環九約─香港歷史圖片展
香港歷史的新展示─歷史篇及海防篇
萬里長城－歷代民族文化珍品展 |
2002
伴我成長四十年─香港大會堂回顧展 (於香港大會堂展出)
十八天戰役─日軍鏡頭下的香港圖片展
香港點滴─回歸五周年新增藏品展
回顧過去、展望未來 (於北京中華世紀壇展出)
戰爭與和平─秦漢文物精華展 |
2003
拿破崙大展
吾土吾情─香江文化傳承(於香港中央圖書館展出)
中華人民共和國國旗、國徽、國歌展 (於香港大會堂展出)
香港廣播七十五年
萬眾一心─香港史上疫症的抗爭
孫中山與親屬─從翠亨到香港
學海無涯 － 近代中國留學生展 |
2004
秋獵懷遠 ─ 承德避暑山莊文物大展
孫中山與近代中國
百載香江風情展 (於北京中國國家博物館展出)
不朽印記：竹月堂古希臘錢幣展
獵鹿與剽牛 － 雲南古滇國文物展 |
2005
「孫中山與辛亥革命文物徵集行動」精品展 |
2005
「孫中山與辛亥革命文物徵集行動」精品展
香港陸上交通的演變（於地鐵中環站展出）
「第六屆校際郵集設計比賽」參賽作品展覽
花都舊影：法國龐比度中心珍藏照片展
東方印象：錢納利繪畫展
文化清泉 ─ 香港達德學院歷史展
東西匯流 － 粵港澳文物大展 |
2006
揚帆萬里 － 鄭和下西洋紀念展
足球展覽
「兒童成長的足跡」展覽
情懷香江 - 江啟明素描畫展
漢字密碼 － 從甲骨文到電腦時代展
孫中山先生誕辰140周年展：偉人的藝術剪現
戲•遊－香港舞台中國情 |
2007
戲•遊－香港舞台中國情 (於香港大會堂展出)
禮樂之邦 － 河南夏商周文物展
香江文教發展五十年
中國考古新發現
皇仁書院•香港•中國 － 145年的歷史與回憶 |
2008
從錢莊到現代銀行－滬港銀行業發展 (2007年11月28日至2008年5月26日) |