這個展區可劃分為「地貌與氣候」及「動植物」兩個部分。步入展館迎面是一個地球儀，讓參觀者確認中國及香港的位置。向前行是一條由假石塊鋪砌而成的時光隧道，巖壁是仿照岩石倒模而成，幾可亂真；此區藉著岩石及化石標本，闡釋香港四億年來所經歷的地質年代及在各時期的地貌。展區內的影院播映一套總結香港地質演變的影片，還加插特別的熔岩效果，令人有如置身於洪荒宇宙中的感覺。
從狹窄的時光隧道出來，觀眾眼前一亮，映入眼簾的是一個高逾18米的樹林，裏面放置了多種鳥類、爬行類及哺乳類動物標本，配以雀鳥的啼聲和動物的吼叫聲，使人彷彿置身於大自然中，這個生態系統的縮影介紹香港六千年前的動植物及各種動物與周邊自然環境的相互關係。
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劇場影片名稱：香港的自然命脈
片長：8分鐘
每場觀眾座位：36
設有粵語、普通話及英語旁白，輪流播放。
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自然歷史藏品
