海防博物館展出了香港歷史博物館的精選藏品共四百多件，另有超過二十件向國內及本港文博單位借展的珍貴文物，全部均與香港的海防歷史有關。以下為部份本館藏品的簡介：

• 槍械
• 大砲
• 手提武器
• 紙本
• 軍服及紡織品
• 其他藏品